El 7 de abril de 1960, san Juan XXIII, por medio de la carta apostólica 'Salutiferae Crucis', elevó al honor y dignidad de basílica menor la iglesia de la Santa Cruz del Valle de los Caídos. Lo hacía el Santo Padre con estas expresiones: «Este monte sobre el que se eleva el signo de la Redención humana ha sido excavado en inmensa cripta, de modo que en sus entrañas se abre amplísimo templo, donde se ofrecen sacrificios expiatorios y continuos sufragios por los caídos en la guerra civil de España (1936-1939), y allí, acabados los padecimientos, terminados los trabajos y aplacadas las luchas, duermen juntos el sueño de la paz, a la vez que se ruega sin cesar por toda la nación española». El Papa reconoce expresamente que el edificio sagrado alberga los restos de muchos que murieron durante la guerra civil, de un bando y de otro. Por tanto, el lugar no se había construido para honrar la memoria del bando vencedor en la guerra, sino para que los benedictinos celebrasen misas y rezaran por el eterno descanso de todos los difuntos y por el bienestar del conjunto de España. Quien fuera abad de la Santa Cruz del Valle de los Caídos escribió al Papa y le suplicó distinguir tan prestigioso templo con el nombre y los derechos de basílica menor. El Papa, tras consultar a la Congregación de Ritos, con pleno conocimiento, madura deliberación y la plenitud de su potestad apostólica, elevó «a perpetuidad» al honor y dignidad de basílica menor la iglesia llamada de la Santa Cruz del Valle de los Caídos , sita dentro de los límites de la diócesis de Madrid, «sin que pueda obstar nada en contra». Y añadía san Juan XXIII: «Esto mandamos y determinamos y decretamos que las presentes letras sean y permanezcan siempre firmes, válidas y eficaces y que consigan y obtengan sus plenos e íntegros efectos y las acaten en su plenitud aquellos a quienes se refieran actualmente y puedan referirse en el futuro; así se han de interpretar y definir». No hay constancia de que Franco dejara por escrito su voluntad de ser enterrado en el Valle, pero sus restos fueron enterrados allí el 23 de noviembre de 1975, tras una misa exequial presidida por el cardenal primado de España, Marcelo González Martín. En cambio, la ceremonia de unción y la celebración de la misa del Espíritu Santo en la histórica iglesia de San Jerónimo el Real de Madrid, dedicada cuatro días después a Don Juan Carlos, fue oficiada por Vicente Enrique y Tarancón, entonces arzobispo de Madrid-Alcalá. En la homilía, Tarancón se dirigió al Rey con estas palabras: «Nos hace falta la luz y la ayuda de Dios en esta hora, los creyentes sabemos que necesitamos de Él para acertar en nuestra tarea (...). España, con la participación de todos y bajo vuestro cuidado, avanza en su camino y será necesaria la colaboración de todos, la prudencia de todos, el talento y la decisión de todos, para que sea el camino de la paz, del progreso, de la libertad y del respeto mutuo que todos deseamos (...). La Iglesia se siente comprometida con la patria y agradece vuestra generosidad con que os entregáis al servicio de la comunidad nacional, y no puede ni podría en modo alguno regatearos su estima y su oración. Ni tampoco su colaboración: aquella que le es específicamente propia (...). Pido que seáis el Rey de todos los españoles». Comenzaba el periodo llamado de la Transición. El hecho de que en este 2025 se haya llegado a un acuerdo entre el Gobierno y la Iglesia manifiesta un deseo de respeto, colaboración y buenas intenciones. Por el momento, la comunidad de monjes benedictinos va a permanecer en la abadía, la iglesia del Valle continuará siendo lo que es: un edificio dedicado al culto católico. Y el Gobierno ha prometido que respetará los elementos religiosos, tanto del interior como del exterior del Valle. Lo que ocurre es que una cosa es prometer y firmar un acuerdo sobre el papel y otra muy distinta, cumplirlo , llevarlo a cabo. Se cuenta que algunos miembros del actual Gobierno y algunos de sus socios habían pedido la demolición del conjunto del Valle, y por supuesto también de la Cruz. Gracias a Dios no hemos llegado a esos extremos. En este asunto valdría decir lo que enseñaban los clásicos: la virtud está en el medio. Y la cruz, con sus brazos extendidos a derecha e izquierda, abraza a todos con amor. Escribo esto siendo consciente de que algunos aborrecen el Valle, la cruz y todo lo que tenga que ver con la religión y con la Iglesia. Sin embargo, creo que la mayoría de ciudadanos españoles respetan el conjunto del Valle, aman la cruz de Cristo y desean que los monjes continúen allí para orar por el bien integral de España.
