Raúl Morodo, el embajador que negoció la venta de patrulleras a Chávez
En su último destino en el extranjero, Venezuela (2004-07), quizá influyó también su vieja amistad con José Bono, que en aquellos años era ministro de Defensa y quería recomponer las relaciones con Hugo Chávez tras la etapa de Aznar y, de paso, venderle aviones militares y patrulleras por valor de 2.000 millones de euros. Bono conocía a Morodo desde los tiempos del franquismo, cuando ambos militaban en el Partido Socialista Popular de Tierno Galván y el político castellano-manchego trabajaba en el despacho del abogado gallego.
El nombramiento de Morodo como embajador en Venezuela no cayó especialmente bien en la carrera diplomática, pues ya era el tercer embajador político que nombraba Rodríguez Zapatero, pero el Gobierno quería alguien de confianza en Caracas, capaz de establecer un hilo directo con Chávez, y el hombre elegido fue Raúl Morodo, que permaneció en Venezuela hasta 2007, cuando cesó a petición propia. En esos tres años, se atribuyó a Morodo un gran protagonismo en la operación para vender a Chávez ocho patrulleras y doce aviones militares que iban a ser construidos por el grupo EADS-CASA y Navantia. No obstante, Washington vetó la venta de los aviones, pues se negó a transferir a Venezuela la tecnología estadounidense que llevaban estos aparatos. Al final, solo se vendieron las ocho patrulleras por 1.200 millones, y se destinó el 3,5 por ciento de esta cantidad (42 millones) a pagar comisiones a venezolanos y españoles. Dos antiguos altos cargos del PSOE fueron imputados por estos pagos, como desveló ABC.
Durante los años que estuvo en Venezuela, a Morodo también se le criticó por su pasividad ante los ataques que recibieron las propiedades de los ciudadanos españoles residentes en Venezuela por parte del régimen de Chávez. Mientras tanto, la dictadura chavista protegía a etarras: en 2006 llegó a conceder la nacionalidad venezolana a cuatro de ellos y a indemnizar a otros dos con 325.000 euros. Tras el escándalo, Morodo convenció al ministro de Exteriores venezolano para que anulara ese acuerdo con los etarras; el ministro era en aquel momento Nicolás Maduro, con quien también tenía hilo directo.