Настройка сервера на ceonos
Там уже стоит httpd mysql и прочее
надо настроить все следующим образом.
FTP пользователь создает каталог в домашней директории заливает туда исходный код сайт.
открывает phpmyadmin - заливает базу.
апач автоматом обрабатывает домен вида {имя созданного каталога}.site.ru
и открывает сайт из этой директории, переменные типа document_root должны работать правильно.
Права на работу с файлами должен иметь только создавший их.
Есть root доступ по ssh.