21 февраля 1953 года в Магадане на площади Горького начала работу аптека №3
В то время делилась на две части: торговый и производственный залы. Вскоре здесь открылись справочное бюро, пункт проката, аптека стала дежурной и получила статус центральной. В 1991 г. первой в городе вышла из состава аптечного управления и стала самостоятельным учреждением. До последнего времени было муниципальным унитарным предприятием "Фармация", в которое помимо центральной аптеки входили аптеки №56 (готовит лекарственные формы для стационаров Магадана) и №54 в пос. Сокол. Постановлением мэра г. Магадана №785 от 5 марта 2012 г. имущественный комплекс предприятия приватизирован с преобразованием МУП "Фармация" в ООО "Центральная аптека".