1972—1975 гг. возглавлял агроотделение Моквского эфиромасличного совхоза. Затем был призван в ряды Вооруженных сил СССР.
После демобилизации С.В. Багапш начинает работу на различных должностях в структурах Абхазского обкома комсомола, а с 1978 по 1979 гг. — на ответственной работе в Центральном Комитете ЛКСМ Грузии.
В 1979—1982 гг. Сергей Васильевич возглавлял республиканскую молодежную организацию – Абхазскую областную комсомольскую организацию.
С 1982 по 1989 гг. он руководил Очамчирским районом в должности Первого секретаря райкома партии.
Этот период ознаменовался активным социально-экономическим развитием большого региона. С именем Сергея Васильевича связано масштабное строительство жилья, коммуникационной инфраструктуры всего района, развитие очагов национальной культуры и истории.
В этот период формировалась новая волна националистических настроений в грузинской общине как в самом Очамчирском районе, так и в республике в целом. Подогреваемые из грузинской столицы националисты провоцировали новые столкновения, массовые беспорядки. На Абхазию из Грузии двинулась огромная масса вооруженных, ослепленных национальной нетерпимостью и идеологической пропагандой группировок. Как руководитель района и сын своего народа, Сергей Васильевич взял на себя всю ответственность за развитие событий. Не задумываясь о политической карьере и уголовном преследовании, он возглавил народное, вооруженное сопротивление наступающим группировкам.
После этих событий, под жестким нажимом из Тбилиси, против воли многонационального населения Очамчирского района С.В. Багапша отстраняют от работы. В 1989 году его переводят заместителем Председателя Государственного агропромышленного комитета Абхазской АССР. А затем начинается и уголовное преследование. Генеральная прокуратура СССР начала расследование известных событий, в результате которого Сергей Багапш и группа его соратников, единомышленников оказалась под следствием. Оно было прекращено с развалом Советского Союза.
В 1991 году народные депутаты Очамчирского районного совета избирают его Председателем. Сергей Багапш вновь возглавляет район.
К 1992 году ситуация в республике меняется. К руководству республикой приходит молодой, энергичный ученый-политик, выдающийся сын народа В.Г. Ардзинба. Возглавив Верховный Совет Абхазии, Владислав Григорьевич формирует новое правительство республики, опираясь на единомышленников, способных принимать ответственные решения и реализовывать их, несмотря на яростное сопротивление и Грузии, и внутренних противников возрождения Абхазского государства.
Будучи депутатом Верховного Совета нового созыва, Сергей Васильевич назначается Первым заместителем Председателя Совета министров Республики Абхазия.
В августе 1992 года начинается Отечественная война народа Абхазии, часть страны оккупируется грузинскими войсками, формируется народное ополчение. По поручению Председателя Верховного Совета республики В.Г. Ардзинбы руководителем абхазской группы по переговорам с грузинской стороной становится С.В. Багапш.
Поскольку было очевидным, что грузинские войска не намерены останавливаться в столице страны, абхазской делегации необходимо было максимально сдержать существенное разрастание фронта боевых действий, выиграть время для организации вооруженного сопротивления агрессору. В результате переговоров было заключено промежуточное соглашение о разведении конфликтующих сторон.
Но войну остановить было невозможно.
Оставаясь Первым заместителем Председателя Совета министров, Сергей Васильевич был введен в состав Государственного комитета обороны Республики Абхазия. Всю войну он занимался организацией поставок вооружения, боеприпасов и обмундирования для Абхазской армии, гуманитарных грузов для гражданского населения, лечения раненных за пределами республики. По окончании Отечественной войны народа Абхазии, вместе с руководством страны, активно работает над восстановлением разрушенной экономики и хозяйства.
В 1995 году в связи с реорганизацией системы органов государственной власти С.В. Багапш назначается, по предложению Президента республики В.Г. Ардзинбы, Первым Вице-премьером, а в 1997 году - Премьер-министром Абхазии.
За время его руководства правительством социально-экономическая ситуация в стране ощутимо улучшилась.
В 1999 году С.В. Багапш возглавил Государственную компанию «Черноморэнерго».
В августе 2004 года выдвинут кандидатом в Президенты Республики Абхазия. Его кандидатуру поддержала коалиция общественно-политических сил страны. 12 января 2005 года Сергей Васильевич был избран Президентом Республики Абхазия.
Возрождение Абхазии, международное признание независимости, укрепление самостоятельности, жесткая позиция в отношении защиты интересов абхазского народа являлись приоритетами в работе народного избранника.
В 2008 году Грузия предприняла очередную военную операцию в Южной Осетии, братский народ подвергся варварской бомбардировке и артобстрелам.
Сергей Багапш неоднократно заявлял, что Абхазия является сторонником мирного разрешения проблем с Грузией, но в случае акта агрессии с ее стороны противник получит жесткий отпор.
Так произошло в августе 2008 года. Решением Главнокомандующего Вооруженными силами Республики Абхазия С.В. Багапша, в ответ на грузинскую агрессию против Южной Осетии, в верхней части Кодорского ущелья началась военная операция против оккупационных войск Грузии.
Это была продуманная, блестящая операция, которая вернула под юрисдикцию Республики Абхазия часть ее исторической территории, территории, которая долгие годы находилась под оккупацией.
Ему удавалось избежать возобновления войны с агрессивным соседом. Он делал для этого и возможное, и, казалось, невозможное тоже, отводя от народа и страны новые беды.
С именем Сергея Васильевича Багапша навсегда связано международное признание независимости Республики Абхазия, установление межгосударственных отношений с дружественной нам Российской Федерацией и другими странами.
Сочетая в себе незаурядное терпение и поразительную трудоспособность, решительность и мудрость, достоинство и доброжелательность, профессионализм и снисходительность к слабостям других, он был истинным сыном своего народа.
С.В. Багапш достойно прошел один из самых сложных периодов в развитии Абхазского государства, взяв на себя историческую ответственность за судьбу народа, который ему поверил и дважды доверил возглавить страну.
Трагическое стечение обстоятельств оборвало его жизнь, наполненную эпохальными событиями, удачами и потерями, радостями и болью, свершениями и победами, жизнь человека, которого боготворили друзья и искренне уважали непримиримые оппоненты.