По соседству с воинственными шведами
XI век стал веком первых тяжелейших испытаний для монастыря. Потерпев поражение от русских, шведы, плавая на судах по Ладожскому озеру, в досаде нападали на беззащитных монахов, грабили и сжигали мирные обители.
Древние новгородские летописи сообщают об обретении мощей преподобных Сергия и Германа и перенесении их в Новгород во время нашествия шведов в 1163-1164 годах. "В лето 1163. О архиепископе Иоанне. Поставиша Великому Новуграду архиепископа Иоанна Перваго, а преж были епископы. Того же лета обретены быша мощи и перенесены преподобных отец наших Сергия и Германа Валаамских, Новгородских чудотворцев при архиепископе Новгородском Иоанне…" Именно тогда состоялось местное прославление основателей Валаамского монастыря, и было положено начало церковному почитанию преподобных Сергия и Германа в пределах Новгородской епархии. В 1182 году, когда опасность миновала, иноки перенесли обратно на Валаам святые мощи своих небесных заступников. Опасаясь оскорбления святыни, иссекли глубоко в скале могилу и в ней скрыли святые мощи угодников, где они и поныне пребывают "под спудом". В память возвращения святых мощей в Валаамскую обитель и совершается ежегодно церковное празднество 11/24 сентября. Свидетельства о многочисленных чудесах от мощей святых угодников вносились в монастырские летописи вплоть до закрытия обители.
До первого разорения Валаам назывался обителью Пресвятой Троицы, о чем свидетельствует житие преподобного Авраамия Ростовского. По всей вероятности, деревянный Троицкий Валаамский монастырь был уничтожен врагами до основания. Когда опасность миновала, его главный храм заново отстроили из камня и освятили во имя Преображения Господня. На построение монастыря делались большие вклады. "Великая и зело прекрасная и превысокая" каменная церковь во имя Преображения Господня имела приделы в честь Рождества Христова и святителя Николая. Из жития преподобного Александра Свирского, подвизавшегося в монастыре в XV веке, можно заключить, что иноческие кельи были построены довольно удобно, каждая имела предсение, для приходящих же в обитель существовала вне монастырской ограды гостиница.
В XVI веке, когда беспокойные шведы вновь начали воевать с Россией, Валаам в который раз явился объектом агрессии. В 1578 году, 20 февраля, преследуя православных карел, шведы напали на Валаамский монастырь: 19 человек достоблаженных и благочестивых старцев и 14 послушников были мученически истреблены мечом за твердость в исповедании православной веры. С тех пор их святые имена были занесены в монастырский помянник: священноинок Тит, схимонах Тихон, иноки Геласий, Варлаам, Сергий, Савва, Конон, Сильвестр, Киприан, Пимен, Иоанн, Самон, Иона, Давид, Корнилий, Нифонт, Афанасий, Серапион, Варлаам и послушники Афанасий, Антоний, Лука, Леонтий, Фома, Дионисий, Филипп, Игнатий, Василий, Пахомий, Василий, Иоанн, Феодор и Иоанн.
В 1581 году валаамским инокам было послано новое испытание – эпидемия чумы, жертвами которой стали 87 старцев и 47 послушников. Вскоре после этого несчастья пламя очередной шведской войны опустошило и саму обитель: церкви, кельи, трапезу и ограду. Одни братья вместе с настоятелем скрывались в лесах Валаама, ведя скитский образ жизни, другие – в Антониевом Дымском монастыре4, где неукоснительно соблюдался устав Валаамской обители. Некоторые старшие братья стали нарушать этот устав. Валаамские старцы не могли снести нарушения древних установлений, дело дошло до новгородского владыки. 23 мая 1592 года митрополит Новгородский Варлаам утвердил исполнение устава во всей его силе.
После заключения 18 мая 1595 года мира со шведами России были возвращены древние новгородские земли, где, по выражению одного историографа, "наши братия и церкви тосковали под властью чуждых завоевателей". Царь и великий князь Феодор Иоаннович, отправляя своих воевод в Корелу – Кексгольм (ныне г. Приозерск), послал и святителя, чтобы укрепить Православие, угнетаемое в Карелии иноверцами. Не забыл он и многострадальную Валаамскую обитель. В ответ на донесение боярина Бориса Феодоровича Годунова "про нужу и терпенье Валаамского монастыря игумена Давида с братиею, что учинилось разоренье от свейских людей их монастырю", царь Феодор Иоаннович 8 ноября 1597 года повелел средствами из царской казны возобновить обитель, устроить в ней церкви, кельи, трапезу и ограду и предоставил монастырю владеть, как и раньше, вотчиной, рыбными ловлями и угодьями "по нашим жалованным грамотам и писцовым книгам". Вотчины Антониева Дымского монастыря были оставлены во владении Валаамской обители до тех пор, пока иноки не смогут созвать крестьян на свои монастырские земли. Так воскрешалась из пепла и развалин святая обитель. Царскими милостями и частными пожертвованиями она возродилась и набрала силу: в ней были устроены церкви и кельи, отлиты колокола. Несмотря на расходы, требовавшиеся в то время на восстановление обители, валаамские старцы сумели из пожертвований собрать к 1611 году значительные средства.